直接看-rstudio里面的-rds-数据-无法看到-expr-表达矩阵的详细数据-,有什么办法呢
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直接看 rstudio里面的 rds 数据 无法看到 expr 表达矩阵的详细数据 ，有什么办法呢
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在RStudio里“看不见”expr表达矩阵的常见原因只有两类：
- 对象太大，RStudio的Viewer/Environment面板自动截断；
- 对象并不是真正的matrix/data.frame，而是嵌在List/S4对象里的slot或元素。
只要先确认“它到底藏在哪”，再把它拆成真正的矩阵即可。下面给一套“三步排查+两种导出”做法，基本能搞定所有类似情况。
方法一
GSE32967_raw <- readRDS(“K:/download/geo/raw_data/GSE32967_raw.rds”)
expr <- GSE32967_raw$expr
View(expr)
方法2 转成csv
- 先搞清楚对象结构
# 把rds读进来
obj <- readRDS("your_file.rds")
# 看顶层类型
str(obj, max.level = 2, give.attr = FALSE)
# 如果是S4
showMethods(class = class(obj)) # 看有什么提取器
slotNames(obj) # 看slot名字
# 如果是普通list
names(obj)90%的情况下expr矩阵要么叫expr、exprs、assay，要么藏在assays()、slot(obj,“assay”)、obj[[“expr”]]里。
- 把表达矩阵“抠”出来
下面给出4句最常用提取模板，按对象类型直接套：
a) 纯list
expr <- obj$expr # 或 obj[["expr"]]b) S4对象（ExpressionSet老对象）
library(Biobase)
expr <- Biobase::exprs(obj)c) SummarizedExperiment / DESeqTransform
library(SummarizedExperiment)
expr <- assay(obj, 1) # 1可换成"counts","tpm"等名字d) 自定义大列表，名字不确定
expr <- obj[[ which(sapply(obj, function(x) is.matrix(x) & nrow(x)>5000)) ]]- 确认拿到真正的数值矩阵
class(expr)
dim(expr)
summary(expr[1:5, 1:5])只要class是matrix/data.frame，且dim出来行是基因、列是样本，就成功了。
依旧太大、RStudio依旧不显示？
两种办法绕过Viewer限制：直接head+View
View(head(expr, 1000)) # 只看前1000行- 写成csv/txt外部打开
write.csv(expr, file = "expr_matrix.csv", quote = FALSE)
# 或者
data.table::fwrite(data.table::as.data.table(expr), "expr_matrix.tsv", sep = "\t")写完用Excel/Notepad++/VSCode打开即可。
- 一条龙模板（复制即用）
library(SummarizedExperiment) # 提前装好
obj <- readRDS("xxx.rds")
expr <- if("SummarizedExperiment" %in% class(obj)){
assay(obj, 1)
} else if ("ExpressionSet" %in% class(obj)){
Biobase::exprs(obj)
} else if (is.list(obj) && "expr" %in% names(obj)){
obj$expr
} else {
stop("请手动str(obj)再决定怎么取")
}
dim(expr)
write.csv(expr, "expr_matrix.csv", quote = FALSE)跑完去工作目录下拿csv即可，想怎么看就怎么看。