R 语言科研绘图第 74 期 — 火山图-单细胞

R语言单细胞火山图绘制

在发表科研论文的过程中，科研绘图是必不可少的，一张好看的图形会是文章很大的加分项。

为了便于使用，本系列文章介绍的所有绘图都已收录到了 sciRplot 项目中，获取方式：

本期绘图预览：

1. 导入包

我们首先导入本期绘图用到的 R 包：

library(scRNAtoolVis)

2. 准备数据

接下来我们导入绘图用到的数据，在 sciRplot 中给大家提供了测试数据：

data <- sciRplot_data

查看下数据格式：

3. 准备配色

颜色的选择往往是一件让人特别纠结的事情，这里我们直接使用 sciRcolor 来设置配色：

tile.col <- sciRcolor::pal_scircolor(37)[1:9]aes.col <- c("#5470C6","#EE6666")

sciRcolor 是为了 R 语言科研绘图开发的配色工具，包含了 100 种常用配色，详细信息见：

4. 绘制图形

接下来我们通过下面的代码来绘制图形：

p <- jjVolcano(diffData = pbmc.markers, topGeneN = 3, base_size = 15, size=3,               tile.col= tile.col, aesCol = aes.col,                legend.position = c(0.9,0.1), flip = T)p

5. 保存图形

最后我们保存绘制的图形：

ggsave("save/volcano-singlecell.png", p, width = 8, height = 6, dpi = 300)

sciRplot 介绍

为了解决 R 语言中科研绘图的问题，我推出了 sciRplot 项目。sciRplot 项目包含了以下内容：

① 100 种绘图代码，按照图形类型进行分类，包含 60 种基础绘图和 40 种进阶绘图

② 配备一站式 html文档，包含测试数据，代码一键复制，交互式阅读提高用户体验